El Faro de Cabo Mayor preside la entrada a la Bahía de Santander. Privilegiado balcón al mar y a la Ciudad, es hoy una de las construcciones más emblemáticas y sugerentes para los ciudadanos y visitantes. La configuración física de este espacio viene definida por su particular geomorfología, marcada por las playas y acantilados de su borde costero y un accidentado relieve con cotas máximas de 50 metros de altura sobre el nivel del mar. Emplazada históricamente en la periferia de la ciudad, el área de Cabo Mayor y Cabo Menor ha acogido usos y funciones relevantes: señal marítima, enclave defensivo, hipódromo, camping, parque público, campo de golf, hito turístico, etc., constituyéndose en uno de sus espacios de mayor variedad paisajística y ambiental.

En 1778 hubo un primer intento de edificar un faro. Pero es en 1833 cuando se aprueba la construcción del faro. Su precio ascendió a 460.000 reales que fueron costeados por la Junta de Comercio de la Provincia estableciendo un arbitrio de un real por tonelada a los barcos españoles y dos a los extranjeros que entrasen en los puertos de Santander y Bilbao. El nuevo faro se encendió por primera vez la noche del 15 de agosto de 1839, elevándose en el lugar conocido como atalayón de Cabo Mayor donde, desde tiempos remotos, se hacían señales a los barcos, con banderas por el día y grandes fuegos por la noche. La incorporación de grupos electrógenos, sirena de niebla, y otros equipos técnicos, redujo sensiblemente el espacio habitacional existente en la base de la torre, por lo que en 1935 fue levantado el edificio anejo para vivienda de los torreros.

Las instalaciones del Faro de Cabo Mayor se configuran a partir de su torre, que preside la cima de una parcela destinada en su mayor parte a zona verde. De forma cilíndrica y construida en piedra de sillería, dicha torre, cuyo plano focal se sitúa a 91 metros sobre el nivel medio del mar y de 30 metros sobre tierra, se asienta sobre un tambor octogonal, que originalmente fue habitáculo para el alojamiento de fareros, y que tras su rehabilitación ha sido acondicionado como espacio expositivo.

Adosado a uno de sus laterales se sitúa, de forma escalonada, un conjunto de edificios de menor porte construidos en distintos momentos para albergar viviendas para los técnicos en señales marítimas y servicios auxiliares al faro. Estas edificaciones son las que han precisado de una mayor intervención en el proceso de adaptación del conjunto para museo, comunicándolas entre sí y adecuándolas para salas de exposiciones y usos complementarios.

La cruz que está al lado del Faro, es un homenaje a las personas que arrojaron al acantilado durante la Guerra Civil Española con consentimiento del gobierno republicano.