El faro des Penjats se levanta a un extremo del islote con el mismo nombre situado en el paso de es Freus, a medio camino entre Ibiza y Formentera, lugar en el que se han producido numerosos naufragios a lo largo de su historia que le han proporcionado una cierta fama de maldito, no solo por su inquietante nombre (’ahorcados’ en castellano) cuyo origen podría apuntar a los condenados que, desde la Edad Media, eran ajusticiados en la isla.

El faro más antiguo de las Pitiusas se decidió construirse por su estratégica ubicación y por marcar la ruta más directa hacia la península. Según la información facilitada por el historiador Miquel Martí, la Dirección General de Ingenieros del Ejército informaba en 1853 de la necesidad de alzar un faro de sexto orden en la isla des Penjats, la más próxima a s’Espalmador, que señalara el paso navegable por es Freus para grandes embarcaciones.

Las obras, dirigidas por los ingenieros Miguel Herrero y Emili Pou, empezaron el 15 de marzo de 1854 y acabaron el 31 de julio de 1855 y fue la propia administración la encargada de llevarlas a cabo porque no se presentó nadie a la licitación del proyecto debido a las dificultades que suponía construir un faro en un islote como este.

El primer faro de Ibiza y Formentera tenía una torre de 22,7 metros, una altura que pronto se comprobó que era insuficiente. Su luz, afectada por los envites del mar, no se podía apreciar con claridad en el peligroso trayecto que separa las Pitiusas. Por este motivo, poco después de su inauguración decidieron cambiar la iluminación por otra visible a 15 millas y aumentaron la altura de la torre hasta los 27,14 metros sobre el nivel del mar.

Una vez levantado, el faro des Penjats acabó convirtiéndose en el siglo XIX en uno de los peores destinos que podía tener un torrero.

Dos fareros murieron intentando salvar la tripulación del vapor Flaminian que naufragó ante la isla. El 11 de febrero de 1881, el vapor Flaminian embarrancó a la una y siete minutos de la mañana en el freo situado frente a la isla des Penjats. A pesar de que el faro iluminaba correctamente, la niebla provocó que la embarcación se estrellara contra las rocas.

Gabriel Riera y José Tur, los dos torreros del faro, salieron tras presenciar el accidente al rescate de la tripulación con una lancha de su propiedad. Desgraciadamente, la embarcación naufragó mientras intentaban rescatar el vapor a causa de la mala mar sin posibilidad de que los fareros pudieran sobrevivir.

La noticia del accidente llegó al día siguiente a Ibiza, donde los responsables del servicio de faros mandaron a otros dos hombres para ocuparse des Penjats.

En el año 1929, el sistema de iluminación se automatizó y el faro pasó a ser atendido por un técnico que residía en Ibiza, por lo que las dos casas construidas bajo el faro para los torreros fueron abandonadas después de 66 años ocupadas de manera ininterrumpida.

Durante la Guerra Civil, los faros de las Pitiusas permanecieron apagados durante buena parte del conflicto y solo se encendían para facilitar determinadas operaciones militares. En el caso des Penjats resultaba muy complicado al tratarse de un faro automatizado y no contar ya con personal residente, puesto que se debía ir desde Ibiza para su encendido y apagado.