El origen de la actual ciudad de San Carlos de la Rápita lo encontramos en la fundación en 1780, durante el reinado de Carlos III, de una población sobre la que se articulaba un proyecto destinado a hacer de la Bahía del Alfacs uno de los enclaves comerciales más importantes de la costa mediterránea. Dentro de este proyecto se incluía también el canal de navegación que terminó uniendo el río Ebro desde Amposta hasta el Puerto del Alfacs, la carretera real, la construcción de baterías defensivas y la habilitación en 1778 de este puerto para el comercio libre con América. San Carlos de la Rápita es, de hecho, un buen ejemplo de las políticas en infraestructuras y poblamiento de la ilustración de finales del siglo XVIII.

Como gran parte de la costa catalana, el territorio de la Ràpita no ha facilitado el asentamiento de grupos humanos durante largas épocas de su historia, tanto por los peligros provenientes del mar, como, en nuestro caso, por la insalubridad y la dureza de la zona de los humedales del Delta del Ebro. Es por ello por lo que nuestro territorio está lleno de torres defensivas y de vigilancia como la de Guardiola u otras desaparecidas como la de la Ràpita o la del Codonyol.

La aparición de la "población de San Carlos" parece responder primero, a la necesidad de dar un lugar donde pudieran instalarse aquellos trabajadores encargados de la construcción del proyecto ilustrado. Y seguido, a la oportunidad por parte de los directores del proyecto del canal, de atar una población en un territorio, lo que permitiría conservar, defender y dar vida a estas infraestructuras y, al mismo tiempo, riqueza a quien las gestionara. Así, a partir de unas primeras construcciones, se proyecta una gran ciudad con un ambicioso plan urbanístico que debía articularse alrededor de una gran plaza porticada que recibía la carretera real y de una serie de edificios monumentales entre los que destacaba la neoclásica Iglesia Nueva.

La población se creó sobre la heredad de la Ràpita, un término propiedad de las monjas sanjoanistes que habían habitado un convento en el espacio donde previamente había existido una Rábida islámica. El origen de esta pertenencia debemos buscar en 1097 cuando Ramón Berenguer III la cedió al Monasterio benedictino de Sant Cugat, concesión que Ramon Berenguer IV ratificó en 1150 con la condición de crear un priorato, el de Santa María de la Ràpita. Posteriormente, en 1260 el término se vendió a los Hospitalarios, retornando en 1280 a manos reales. Es en este momento en que parece establecerse una comunidad hospitalaria femenina, lo que posiblemente originó la concesión del término que Jaume II realizó en 1304 a favor de las monjas para que fundaran un convento. La presencia de estas religiosas no fue fácil por la presión de corsarios y piratas y, por ello, en 1579 las monjas cambiaron su residencia a Tortosa, dejando el territorio sin un núcleo de población durante un amplio periodo de tiempo. Esta falta de población estable permitió que el espacio pudiera ser protagonista de los tristes hechos de la expulsión de los moriscos de 1610 donde embarcaron casi 42.000 personas provenientes de Cataluña y Aragón.

Como muchas otras poblaciones del país, durante los siglos XIX, los diferentes cambios políticos hicieron que aflorara un municipio a partir de la ciudad de "San Carlos" y del término de la Ràpita. Son un buen ejemplo de este proceso las diferentes denominaciones que recibe la ciudad hasta principios de este siglo XIX: "nueva población de San Carlos”, “San Carlos de los Alfaques" y finalmente "San Carlos de la Rápita”. Con la creación de los municipios modernos (a partir de 1835), San Carlos de la Rápita se convertirá municipio de pleno derecho y su denominación sólo variará durante los años republicanos de la guerra civil (entre 1937 y 1938) con "la Ràpita los Alfaques”.

Su situación geográfica ha hecho que San Carlos de la Rápita haya sido escenario de hechos históricos de relieve, como el intento de sublevación carlista del general Ortega contra la reina Isabel II en 1860. O candidata a recibir proyectos como un tercer canal entre el Ebro y los Alfacs (inaugurado en 1857), el ferrocarril desde Vall de Zafan o propuestas menores como el aeropuerto de hidroaviones. Proyectos que no llegarían a desarrollarse o no conseguirían sus objetivos principales, pero que no han sido ningún contratiempo para que la ciudad creciera de la mano de la pesca, el correo o el comercio de mercancías. El canal de navegación fue transformado en 1861 como canal de regadío y durante la segunda mitad del siglo XIX se inició la explotación de las Salinas de la Trinidad.

También el siglo XX verá como la industria ocupará una parte importante de la población o como en 1954 se acabarán las primeras obras importantes de su Puerto, que además de su vertiente comercial, lo ha convertido en uno de los más importantes de la costa catalana en el ámbito de la pesca. Estas serán algunas de las razones que comportarán que en 1961 se amplíe el término municipal de San Carlos de la Rápita con la anexión del Barrio Español y que entre los años 1954 y 1967 se le encargue la gestión de la entidad local menor de Villafranco del Delta, el actual Poblenou del Delta.